ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan jenis dan karakter molekuler ikan dari perairan Sungai Mentarang Hulu, Desa Long Berang, Kabupaten Malinau, Kalimantan Utara menggunakan metode DNA barcoding dengan penanda gen mitokondria Cytochrome c Oxidase Subunit I (COI). Sampel yang dianalisis terdiri atas enam sekuen dengan kode RA1, RA2, RA4, RA5, RA9, dan RA11. Analisis dilakukan melalui ekstraksi DNA, PCR, elektroforesis, sekuensing, pencocokan sekuen pada database GenBank, analisis jarak genetik, dan filogenetik. Hasil pencocokan menunjukkan tingkat kemiripan sebesar 93,24–100%, dengan kemiripan tertinggi RA1 dengan Tor douronensis, RA2 dengan Lobocheilos erinaceus, RA4 dengan Cyclocheilichthys repasson, RA5 dengan Parachela oxygastroides, RA9 dengan Hemibagrus fortis, dan RA11 dengan Gastromyzon ornaticauda. Jarak genetik terendah ditemukan pada RA5 dengan P. oxygastroides sebesar 0,000. Analisis filogenetik menunjukkan adanya pengelompokan sampel berdasarkan kedekatan genetik dengan sekuen pembanding. Berdasarkan hasil tersebut, DNA barcoding gen COI dapat digunakan untuk membantu menentukan identitas jenis serta mengetahui hubungan kekerabatan genetik ikan dari perairan Sungai Mentarang Hulu, Kabupaten Malinau, Kalimantan Utara.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis hiu tikar yang tertangkap sebagai hasil tangkapan buangan dari Perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. Hiu tikar sering tertangkap bersama hasil tangkapan utama menggunakan alat tangkap pukat hela (trawl), namun informasi ilmiah mengenai karakteristik morfologi dan molekulernya di wilayah ini belum tersedia. Penelitian menggunakan lima ekor sampel hiu tikar yang dianalisis berdasarkan karakter morfologi (bentuk tubuh, kepala, sirip, dan pola warna) serta karakter molekuler melalui ekstraksi DNA, amplifikasi gen Cytochrome c Oxidase I (COI) menggunakan PCR, elektroforesis, dan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis menggunakan BLAST pada database NCBI, dilanjutkan dengan analisis jarak genetik dan filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining. Hasil identifikasi morfologi menunjukkan bahwa sampel memiliki tubuh memanjang, kepala lebar dan membulat, terdapat barbel di sekitar mulut, dua sirip dorsal yang terletak di bagian posterior tubuh, serta pola bercak khas pada permukaan tubuh, sesuai dengan ciri spesies Chiloscyllium plagiosum. Hasil analisis molekuler menunjukkan tingkat kemiripan sekuens sebesar 99,08-99,85% dengan data Chiloscyllium plagiosum pada GenBank, dengan nilai jarak genetik yang rendah (0,000-0,012), menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Berdasarkan hasil penelitian, kombinasi identifikasi morfologi dan molekuler berhasil mengonfirmasi keberadaan Chiloscyllium plagiosum di perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara, sekaligus memberikan data ilmiah awal sebagai dasar upaya pengelolaan dan konservasi spesies ini.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
ABSTRAK Hiu lontar (Rhynchobatus australiae) merupakan salah satu spesies Elasmobranchii yang berperan penting dalam ekosistem perairan pesisir dan berstatus Sangat Terancam Punah (Critically Endangered) menurut IUCN akibat tingginya tekanan penangkapan dan degradasi habitat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi jenis dan karakter molekuler hiu lontar dari Perairan Tanah Kuning, Kabupaten Bulungan, Kalimantan Utara, menggunakan pendekatan morfologi dan DNA barcoding. Penelitian dilaksanakan pada Maret - Mei 2026 menggunakan tiga sampel yang diperoleh dari hasil tangkapan pukat hela. Analisis morfologi dilakukan berdasarkan karakter morfologi dan morfometrik, sedangkan analisis molekuler meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, sekuensing, analisis BLAST, perhitungan jarak genetik, dan konstruksi pohon filogenetik. Analisis DNA barcoding menghasilkan panjang sekuens 602–714 bp dengan tingkat kemiripan 99,84–100% terhadap data referensi GenBank. Nilai jarak genetik antar sampel sebesar 0,000 menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Analisis filogenetik membentuk dua clade, yaitu in-group yang terdiri atas sampel penelitian dan sekuens referensi R. australiae dari perairan lainnya, serta out-group yang terdiri atas Carcharodon carcharias. Hasil penelitian mengonfirmasi bahwa hiu lontar yang ditemukan di Perairan Tanah Kuning merupakan spesies Rhynchobatus australiae. Informasi genetik yang diperoleh diharapkan dapat mendukung upaya konservasi, pengelolaan, dan perlindungan hiu lontar secara berkelanjutan di Indonesia. Identification of the species and molecular characteristics of the spadenose shark from Tanah Kuning waters using DNA barcoding
ThesisOpen AccessMetadata saja
2025•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
The gecko shark is one of the fishery commodities caught by fishermen in the Tanah Kuning Waters, Bulungan Regency, North Kalimantan. The purpose of this study was to identify the species and molecular characteristics of the gecko shark using the mitochondrial COl gene-based DNA barcoding method. The study was conducted from December 2024 to March 2025. The method used was random sampling, with three gecko shark specimens taken from the Tanah Kuning waters using a trawl. Identification was carried out through two approaches: (1) morphological analysis using morphometric such as total length, head length, and fin shape; and (2) molecular analysis with stages of DNA extraction, DNA purity measurement, and mitochondrial COl gene amplification with PCR, electrophoresis, and DNA sequencing. Genetic identity validation was carried out using BLAST analysis and genetic distance calculations using the Tamura 3-Parameter model. The results of the nucleotide base sequence validation through the NCBI website showed that the sample had 100% similarity to Hemigaleus microstoma from Malaysia. Genetic and phylogenetic distance analysis showed that the sample from North Kalimantan was closely related to the samples from Bali and India. Based on the IUCN, Hemigaleus microstoma was categorized as a vulnerable species, so the results of this study confirmed the need for conservation efforts for this species in the study area.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2025•
Hammerhead shark is a species of shark with a distinctive hammer-like head shape and it is known as a top predator in the marine ecosystem. Its existence is important in maintaining the balance of the food chain, but its population is threatened by excessive exploitation. The purpose of this study was to identify the types and molecular characteristics of hammerhead sharks (Sphyrna sp.) from the waters of Tanah Kuning, Bulungan Regency, North Kalimantan, using morphological and molecular approaches through the DNA barcoding method. The study was conducted from December 2024 to March 2025 through a purposive sampling method, by taking five hammerhead shark specimens using a trawl. Identification was carried out through two approaches: (1) morphological analysis including morphometric including total length, head length, and fin shape; and (2) molecular analysis through the stages of DNA extraction, purity measurement, and mitochondrial COI gene amplification with PCR, electrophoresis, and DNA sequencing. Genetic validation was carried out using BLAST analysis and genetic distance calculations using the Tamura 3-Parameter model. The results of morphological identification showed that all samples had the characteristics of the Sphyrna lewini species. Molecular validation through BLAST showed a similarity level of 99.54-100% with GenBank data for Sphyrna lewini, and genetic distance analysis indicated a very close relationship between individuals. This study proved that DNA barcoding was effective for identifying hammerhead shark species and had the potential to support conservation and sustainable management of shark resources in Tanah Kuning waters.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2024•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Spesies ikan pari memiliki kekerabatan dekat dengan spesies lainnya yang memiliki kesamaan dan karakter morfologi saling tumpang tindih dan sulit untuk membedakan spesiesnya. Salah satu metode untuk mengidentifikasi spesies pari yaitu DNA barcoding. DNA barcoding adalah metode molekuler untuk mengidentifikasi spesies yang memanfaatkan rantai DNA pendek berupa penanda mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakter morfologi beserta karakteristik genetik ikan pari yang diambil di perairan muara sesayap kabupaten Tana Tidung menggunakan metode DNA barcoding. Objek yang akan diteliti adalah ikan pari jantan genus Maculabatis. Pengambilan sampel ikan pari dilakukan pada bulan Februari 2023 di perairan muara Sesayap Kabupaten Tana Tidung. Tahapan ekstraksi DNA hingga tahap PCR dilaksanakan di Laboratorium dan tahapan sekuensing dilaksanakan oleh jasa sekuensing. Sampel uji ikan pari memiliki 2 karakter morfologi yang berbeda dengan ukuran terpanjang yaitu 47 cm dengan lebar 59 cm dan terpendek 32 cm dengan lebar 41 cm. Validasi basa nukleotida sampel menunjukkan panjang rantai basa nukleotida mencapai 687. Jenis ikan pari dari perairan muara Sesayap Kabupaten Tana Tidung berdasarkan uji molekuler yaitu jenis Maculabatis gerrardi dengan tingkat kemiripan 100% dengan sekuen dari Malaysia dengan kode akses OQ3885102.1 dari NCBI.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•
Wilayah dengan potensi perikanan tangkap di perairan pesisir dan muara, adalah perairan muara Ancam Kabupaten Bulungan. Di wilayah ini, terdapat sejumlah unit penangkapan yang dioperasikan oleh nelayan Bulungan dengan tujuan memanfaatkan sumberdaya perikanan secara berkelanjutan. Unit penangkapan ikan yang mendominasi dan aktif beroperasi di wilayah perairan pesisir/muara Ancam adalah unit penangkapan tugu (stownet) dengan hasil tangkapan utama (Main Catch) berupa berbagai jenis udang. Udang adalah hewan kecil tak bertulang belakang (invertebrata) yang tempat hidupnya adalah di perairan air tawar, air payau dan air asin. DNA barcoding adalah salah satu adalah metode molekuler untuk mengidentifikasi spesies yang mampu memberikan kecepatan dan keakuratan dalam mengidentifikasi jenis spesies. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan spesies udang dan karakter molekulernya dari hasil tangkapan tugu Muara Ancam di kabupaten Bulungan. Tahapan identifikasi molekuler penelitian ini terdiri dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini menunjukkan bahwa, 8 sampel udang menghasilkan sebuah sekuen nukleotida dengan kisaran panjang DNA 474bp – 699bp (base pairs). Kemudian Hasil pencocokan sekuen menunjukkan bahwa terdapat 8 jenis sekuen yang telah dipasangkan dengan persentase kemiripan terhadap GenBank NCBI. Kemiripan ini berkisar antara 98,41%-100% untuk setiap spesies yang teridentifikasi hasil penelitian identifikasi spesies secara morfologi dan molekuler, terdapat delapan jenis spesies udang yang teridentifikasi yakni Metapanaeus brevicornis ,Penaeus merguiensis, Mierspenaeosis scultillis, Eutrichocheles modestus, Orastosqulla interrupta, Solenocera crassicornis, Metapenaeus ensis, Metapenaeus Monoceros
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•
kan kiper termasuk ikan demersal sehingga dapat ditemukan dibagian dasar perairan laut maupun perairan payau, juga memiliki gizi yang cukup tinggi dengan harga terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan kiper yang diperdagangkan di Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan Kalimantan Utara berdasarkan karakter mmorfologi dan molekuler, serta menganalisis jarak genetik dan pohon filogenetiknya. Pengambilan sampel diambil secara acak sebanyak 30 sampel ikan kiper. Sampel ikan kiper kemudian diidentifikasi dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Molekuler dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding berbasis gen mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil dari sekuensing di validasi dengan fitur Basic Local Aligment Search Tool – nucleotide (BLAST-n) menunjukkan bahwa ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan merupakan spesies Scatophagus argus dengan tingkat kemiripan antara 98,98% - 99,85% S. argus yang ada pada GenBank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Jarak genetik ikan ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan data lain dari sekuen yang dikumpulkan dari National Centre For Biotechnology Information (NCBI) diperoleh jarak genetik yang sangat dekat yaitu dengan jarak 0,002 dari perairan Malaysia bagian Pinang dan Thailand. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk clade ingroup dengan percabangan sekuen S. argus dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan S. argus dari perairan Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang dan Selangor) Thailand.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Kima merupakan bivalvia laut yang berperan penting sebagai biofilter alami dan saat ini banyak diambil kemudian diperdagangkan sebagai hewan akuarium, makanan lauk (seafood), dan sovenir. Informasi biologi dan molekuler merupakan salah satu tahapan dasar dalam upaya konservasi kima. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies dan karakter molekuler kima kering yang diperdagangkan di Pasar Beringin Kota Tarakan. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler kima kering. Pada tahapan prosedur molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil sekuensing yang dicocokkan dengan data NCBI, menunjukkan bahwa kima kering dari Pasar Beringin Kota Tarakan merupakan spesies kima sisik (Tridacna squamosa) dengan tingkat kemiripan antara 98,85-100% dan masih satu clade dengan T. squamosa dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari 3%.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2022•
Ikan layang merupakan komoditas perikanan dan termasuk ikan pelagis yang hidup secara bergerombolan diperairan. Salah satu dasar pengelolaan sumberdaya ikan layang adalah melalui informasi dasar mengenai jenis ikan yang akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan layang yang diperdagangkan di Pasar Beringin kota Tarakan secara morfologi dan molekuler serta mengetahui karakteristik molekuler lainnya. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler dan morfometrik ikan layang. Pada tahapan molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA hasil PCR dan sekuensing DNA. Sekuen dicocokkan dengan data pada NCBI untuk mengetahui spesies ikan layang. Berdasarkan hasil analisis morfologi dan molekuler pada sampel ikan layang diketahui bahwa sampel tersebut merupakan spesies Decapterus macrosoma dan masih dalam satu clade dengan Decapterus macrosoma dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari dari 3%.
