Abstrak
kan kiper termasuk ikan demersal sehingga dapat ditemukan dibagian dasar perairan laut maupun perairan payau, juga memiliki gizi yang cukup tinggi dengan harga terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan kiper yang diperdagangkan di Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan Kalimantan Utara berdasarkan karakter mmorfologi dan molekuler, serta menganalisis jarak genetik dan pohon filogenetiknya. Pengambilan sampel diambil secara acak sebanyak 30 sampel ikan kiper. Sampel ikan kiper kemudian diidentifikasi dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Molekuler dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding berbasis gen mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil dari sekuensing di validasi dengan fitur Basic Local Aligment Search Tool – nucleotide (BLAST-n) menunjukkan bahwa ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan merupakan spesies Scatophagus argus dengan tingkat kemiripan antara 98,98% - 99,85% S. argus yang ada pada GenBank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Jarak genetik ikan ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan data lain dari sekuen yang dikumpulkan dari National Centre For Biotechnology Information (NCBI) diperoleh jarak genetik yang sangat dekat yaitu dengan jarak 0,002 dari perairan Malaysia bagian Pinang dan Thailand. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk clade ingroup dengan percabangan sekuen S. argus dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan S. argus dari perairan Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang dan Selangor) Thailand.