ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis hiu tikar yang tertangkap sebagai hasil tangkapan buangan dari Perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. Hiu tikar sering tertangkap bersama hasil tangkapan utama menggunakan alat tangkap pukat hela (trawl), namun informasi ilmiah mengenai karakteristik morfologi dan molekulernya di wilayah ini belum tersedia. Penelitian menggunakan lima ekor sampel hiu tikar yang dianalisis berdasarkan karakter morfologi (bentuk tubuh, kepala, sirip, dan pola warna) serta karakter molekuler melalui ekstraksi DNA, amplifikasi gen Cytochrome c Oxidase I (COI) menggunakan PCR, elektroforesis, dan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis menggunakan BLAST pada database NCBI, dilanjutkan dengan analisis jarak genetik dan filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining. Hasil identifikasi morfologi menunjukkan bahwa sampel memiliki tubuh memanjang, kepala lebar dan membulat, terdapat barbel di sekitar mulut, dua sirip dorsal yang terletak di bagian posterior tubuh, serta pola bercak khas pada permukaan tubuh, sesuai dengan ciri spesies Chiloscyllium plagiosum. Hasil analisis molekuler menunjukkan tingkat kemiripan sekuens sebesar 99,08-99,85% dengan data Chiloscyllium plagiosum pada GenBank, dengan nilai jarak genetik yang rendah (0,000-0,012), menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Berdasarkan hasil penelitian, kombinasi identifikasi morfologi dan molekuler berhasil mengonfirmasi keberadaan Chiloscyllium plagiosum di perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara, sekaligus memberikan data ilmiah awal sebagai dasar upaya pengelolaan dan konservasi spesies ini.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Kima merupakan bivalvia laut yang berperan penting sebagai biofilter alami dan saat ini banyak diambil kemudian diperdagangkan sebagai hewan akuarium, makanan lauk (seafood), dan sovenir. Informasi biologi dan molekuler merupakan salah satu tahapan dasar dalam upaya konservasi kima. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies dan karakter molekuler kima kering yang diperdagangkan di Pasar Beringin Kota Tarakan. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler kima kering. Pada tahapan prosedur molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil sekuensing yang dicocokkan dengan data NCBI, menunjukkan bahwa kima kering dari Pasar Beringin Kota Tarakan merupakan spesies kima sisik (Tridacna squamosa) dengan tingkat kemiripan antara 98,85-100% dan masih satu clade dengan T. squamosa dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari 3%.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2022•
Ikan layang merupakan komoditas perikanan dan termasuk ikan pelagis yang hidup secara bergerombolan diperairan. Salah satu dasar pengelolaan sumberdaya ikan layang adalah melalui informasi dasar mengenai jenis ikan yang akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan layang yang diperdagangkan di Pasar Beringin kota Tarakan secara morfologi dan molekuler serta mengetahui karakteristik molekuler lainnya. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler dan morfometrik ikan layang. Pada tahapan molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA hasil PCR dan sekuensing DNA. Sekuen dicocokkan dengan data pada NCBI untuk mengetahui spesies ikan layang. Berdasarkan hasil analisis morfologi dan molekuler pada sampel ikan layang diketahui bahwa sampel tersebut merupakan spesies Decapterus macrosoma dan masih dalam satu clade dengan Decapterus macrosoma dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari dari 3%.
