ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan jenis dan karakter molekuler ikan dari perairan Sungai Mentarang Hulu, Desa Long Berang, Kabupaten Malinau, Kalimantan Utara menggunakan metode DNA barcoding dengan penanda gen mitokondria Cytochrome c Oxidase Subunit I (COI). Sampel yang dianalisis terdiri atas enam sekuen dengan kode RA1, RA2, RA4, RA5, RA9, dan RA11. Analisis dilakukan melalui ekstraksi DNA, PCR, elektroforesis, sekuensing, pencocokan sekuen pada database GenBank, analisis jarak genetik, dan filogenetik. Hasil pencocokan menunjukkan tingkat kemiripan sebesar 93,24–100%, dengan kemiripan tertinggi RA1 dengan Tor douronensis, RA2 dengan Lobocheilos erinaceus, RA4 dengan Cyclocheilichthys repasson, RA5 dengan Parachela oxygastroides, RA9 dengan Hemibagrus fortis, dan RA11 dengan Gastromyzon ornaticauda. Jarak genetik terendah ditemukan pada RA5 dengan P. oxygastroides sebesar 0,000. Analisis filogenetik menunjukkan adanya pengelompokan sampel berdasarkan kedekatan genetik dengan sekuen pembanding. Berdasarkan hasil tersebut, DNA barcoding gen COI dapat digunakan untuk membantu menentukan identitas jenis serta mengetahui hubungan kekerabatan genetik ikan dari perairan Sungai Mentarang Hulu, Kabupaten Malinau, Kalimantan Utara.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
ABSTRAK Hiu lontar (Rhynchobatus australiae) merupakan salah satu spesies Elasmobranchii yang berperan penting dalam ekosistem perairan pesisir dan berstatus Sangat Terancam Punah (Critically Endangered) menurut IUCN akibat tingginya tekanan penangkapan dan degradasi habitat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi jenis dan karakter molekuler hiu lontar dari Perairan Tanah Kuning, Kabupaten Bulungan, Kalimantan Utara, menggunakan pendekatan morfologi dan DNA barcoding. Penelitian dilaksanakan pada Maret - Mei 2026 menggunakan tiga sampel yang diperoleh dari hasil tangkapan pukat hela. Analisis morfologi dilakukan berdasarkan karakter morfologi dan morfometrik, sedangkan analisis molekuler meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, sekuensing, analisis BLAST, perhitungan jarak genetik, dan konstruksi pohon filogenetik. Analisis DNA barcoding menghasilkan panjang sekuens 602–714 bp dengan tingkat kemiripan 99,84–100% terhadap data referensi GenBank. Nilai jarak genetik antar sampel sebesar 0,000 menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Analisis filogenetik membentuk dua clade, yaitu in-group yang terdiri atas sampel penelitian dan sekuens referensi R. australiae dari perairan lainnya, serta out-group yang terdiri atas Carcharodon carcharias. Hasil penelitian mengonfirmasi bahwa hiu lontar yang ditemukan di Perairan Tanah Kuning merupakan spesies Rhynchobatus australiae. Informasi genetik yang diperoleh diharapkan dapat mendukung upaya konservasi, pengelolaan, dan perlindungan hiu lontar secara berkelanjutan di Indonesia. Identification of the species and molecular characteristics of the spadenose shark from Tanah Kuning waters using DNA barcoding
ThesisOpen AccessMetadata saja
2025•
Hammerhead shark is a species of shark with a distinctive hammer-like head shape and it is known as a top predator in the marine ecosystem. Its existence is important in maintaining the balance of the food chain, but its population is threatened by excessive exploitation. The purpose of this study was to identify the types and molecular characteristics of hammerhead sharks (Sphyrna sp.) from the waters of Tanah Kuning, Bulungan Regency, North Kalimantan, using morphological and molecular approaches through the DNA barcoding method. The study was conducted from December 2024 to March 2025 through a purposive sampling method, by taking five hammerhead shark specimens using a trawl. Identification was carried out through two approaches: (1) morphological analysis including morphometric including total length, head length, and fin shape; and (2) molecular analysis through the stages of DNA extraction, purity measurement, and mitochondrial COI gene amplification with PCR, electrophoresis, and DNA sequencing. Genetic validation was carried out using BLAST analysis and genetic distance calculations using the Tamura 3-Parameter model. The results of morphological identification showed that all samples had the characteristics of the Sphyrna lewini species. Molecular validation through BLAST showed a similarity level of 99.54-100% with GenBank data for Sphyrna lewini, and genetic distance analysis indicated a very close relationship between individuals. This study proved that DNA barcoding was effective for identifying hammerhead shark species and had the potential to support conservation and sustainable management of shark resources in Tanah Kuning waters.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•
Wilayah dengan potensi perikanan tangkap di perairan pesisir dan muara, adalah perairan muara Ancam Kabupaten Bulungan. Di wilayah ini, terdapat sejumlah unit penangkapan yang dioperasikan oleh nelayan Bulungan dengan tujuan memanfaatkan sumberdaya perikanan secara berkelanjutan. Unit penangkapan ikan yang mendominasi dan aktif beroperasi di wilayah perairan pesisir/muara Ancam adalah unit penangkapan tugu (stownet) dengan hasil tangkapan utama (Main Catch) berupa berbagai jenis udang. Udang adalah hewan kecil tak bertulang belakang (invertebrata) yang tempat hidupnya adalah di perairan air tawar, air payau dan air asin. DNA barcoding adalah salah satu adalah metode molekuler untuk mengidentifikasi spesies yang mampu memberikan kecepatan dan keakuratan dalam mengidentifikasi jenis spesies. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan spesies udang dan karakter molekulernya dari hasil tangkapan tugu Muara Ancam di kabupaten Bulungan. Tahapan identifikasi molekuler penelitian ini terdiri dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini menunjukkan bahwa, 8 sampel udang menghasilkan sebuah sekuen nukleotida dengan kisaran panjang DNA 474bp – 699bp (base pairs). Kemudian Hasil pencocokan sekuen menunjukkan bahwa terdapat 8 jenis sekuen yang telah dipasangkan dengan persentase kemiripan terhadap GenBank NCBI. Kemiripan ini berkisar antara 98,41%-100% untuk setiap spesies yang teridentifikasi hasil penelitian identifikasi spesies secara morfologi dan molekuler, terdapat delapan jenis spesies udang yang teridentifikasi yakni Metapanaeus brevicornis ,Penaeus merguiensis, Mierspenaeosis scultillis, Eutrichocheles modestus, Orastosqulla interrupta, Solenocera crassicornis, Metapenaeus ensis, Metapenaeus Monoceros
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Ikan lais merupakan salah satu ikan yang bersungut air tawar anggota famili Siluridae. Ikan lais berperan sebagai pemangsa dalam rantai makanan untuk menjaga kestabilan populasi organisme lain di dalam perairan. Oleh karena itu, perlu dilakukan metode identifikasi ikan lais melalui DNA barcoding. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi spesies ikan lais yang berasal dari Sungai Rahayu (Selor), Kabupaten Bulungan Kalimantan Utara berdasarkan karakter molekuler dengan menggunakan metode DNA barcoding dan karakter morfologi. Penelitian ini dilakukan dengan mengidentifikasi karakter molekuler melalui proses isolasi dan ekstraksi DNA, amplifikasi DNA menggunakan PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Setelah itu, dilakukan pengukuran karakter morfologi dan morfometrik. Berdasarkan penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa spesies dalam penelitian ini diduga adalah spesies endemik karena dari sekian banyak ikan lais yang telah diteliti secara molekuler dan diunggah ke database bank gen, baik yang berasal dari perairan Indonesia maupun perairan negara lain, karakter molekuler yang ditunjukkan dari persentase kemiripan berbeda jauh yaitu di bawah 90%. Hasil analisis jarak genetik pada keempat sekuen dari Sungai Rahayu dapat dikatakan identik atau tidak ada perbedaan genetik dengan nilai jarak genetik 0, 000. Rekontruksi filogenetik membentuk 3 clade utama berdasarkan pengelompokkan terhadap masing-masing satu spesies.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Ikan pari sungai merupakan salah satu jenis ikan pari yang bisa hidup di perairan tawar, payau dan laut yang termasuk ke dalam famili Dasyatidae. Di Indonesia ada empat spesies ikan pari sungai yang dilindungi penuh oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan karena mengalami penurunan populasi (IUCN 2021) yaitu Urogymnus polylepis, Fluvitrygon oxyrhynchus, Fluvitrygon signifier dan Urolophus kaianus. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi spesies ikan pari secara akurat dalam upaya membantu konservasi ikan pari dari Sungai Sesayap. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kepastian nama spesies ikan pari yang ada di Sungai Sesayap, Kabupaten Tana Tidung, Kalimantan Utara, berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya (validasi spesies, jarak genetik, hubungan kekerabatan). Morfologi diamati dengan membedakan bentuk tubuh, bentuk ekor, corak tubuh dan bentuk mata, selanjutnya diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, uji konsentrasi dan kemurnian, amplifikasi dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil identifikasi spesies berdasarkan karakter morfologi dan molekuler pada penelitian ini ditemukan semua spesies ikan pari dari Sungai Sesayap yaitu Urogymnus polylepis dengan tingkat kemiripan 100% identik data yang tersimpan di GenBank NCBI dan Bold System yang statusnya sudah masuk dalam daftar merah yaitu terancam bahaya (IUCN 2021). Dari hasil analisis jarak genetik sekuen pari dari Sungai Sesayap dengan sekuen dari perairan lainnya yang dikumpulkan dari GenBank NCBI nilai jarak genetik terdekat yaitu 0,000 dari perairan Thailand. Rekonstruksi filogenetik membentuk 3 clade yaitu clade 1 terdiri dari spesies Urogymnus polylepis, clade 2 terdiri dari spesies Urogymnus asperrimus dan Himantura granulata sedangkan clade 3 terdiri dari spesies yaitu Brevitrygon imbricata (out group).
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•
kan kiper termasuk ikan demersal sehingga dapat ditemukan dibagian dasar perairan laut maupun perairan payau, juga memiliki gizi yang cukup tinggi dengan harga terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan kiper yang diperdagangkan di Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan Kalimantan Utara berdasarkan karakter mmorfologi dan molekuler, serta menganalisis jarak genetik dan pohon filogenetiknya. Pengambilan sampel diambil secara acak sebanyak 30 sampel ikan kiper. Sampel ikan kiper kemudian diidentifikasi dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Molekuler dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding berbasis gen mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil dari sekuensing di validasi dengan fitur Basic Local Aligment Search Tool – nucleotide (BLAST-n) menunjukkan bahwa ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan merupakan spesies Scatophagus argus dengan tingkat kemiripan antara 98,98% - 99,85% S. argus yang ada pada GenBank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Jarak genetik ikan ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan data lain dari sekuen yang dikumpulkan dari National Centre For Biotechnology Information (NCBI) diperoleh jarak genetik yang sangat dekat yaitu dengan jarak 0,002 dari perairan Malaysia bagian Pinang dan Thailand. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk clade ingroup dengan percabangan sekuen S. argus dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan S. argus dari perairan Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang dan Selangor) Thailand.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•
kan selangat merupakan ikan yang memiliki nilai ekonomis dan ekologis yang cukup tinggi dan banyak di tangkap oleh para nelayan dan untuk dijadikan sebagai konsumsi masyarakat kota Tarakan dari berbagai kalangan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasikan jenis ikan selangat yang diperjualbelikan di Pasar Tradisional Beringin Tarakan, Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya, serta menganalisis jarak genetik dan filogenetiknya. Pengambilan sampel dilakukan secara acak sebanyak 30 sampel ikan selangat. Sampel ikan selangat kemudian di identifikasi dengan mengamati morfologi dan mengukur karakter morfometriknya Identifikasi molekuler menggunakan gen mitokondria Cytochrome Oydane Subunit (COI) melaui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA. elektroforesis dan sekuensing Hasil pengukuran morfometrik ikan selangat diperoleh nilai kisaran panjang total 12,9 15,5 cm dan panjang standar antara 10,4-12.5 Hasil sekuensing divalidasi dengan fitur BLASTn menunjukkan bahwa ikan selangat dan Pasar Tradisonal Beringin Tarakan merupakan spesies Anodontostoma chacunda dengan tingkat kemiripan antara 98,61%-99,84% dengan spesies A charda yang ada pada GenBank NCBI Jarak genetik ikan selangat dari Pasar Tradisonal Beringin Tarakan dengan data sekuen lain yang dikumpulkan dan NCBI diperoleh jarak genetik terdekat 0,000 yaitu dari Perairan Malaysia Konstruksi pohon filogenetik membentuk satu clade besar yang sama antara chaconda dari Pasar Tradisonal Beringin Tarakan dengan A chacunda dan Perairan Malaysia sehingga dapat dikelola dalam satu unit pengelolaan yang sama
ThesisOpen AccessMetadata saja
2022•
Ikan baronang merupakan ikan demersal yang hidup di dasar atau dekat dengan dasar perairan. Ikan baronang memiliki banyak variasi morfologi sehingga perlu diidentifikasi spesiesnya secara akurat. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis ikan baronang (Siganus spp.) yang diperdagangkan di pasar Beringin Tarakan, berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya (Jarak genetik dan hubungan kekerabatan). Penelitian ini dilakukan dengan mengukur karakter morfologi dan morfometrik. Selanjutnya, diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Berdasarkan identifikasi karakter morfologi dan molekuler pada penelitian ini ditemukan dua jenis ikan yang berbeda yaitu S. guttatus dan S. javus. Satu sekuen di uji molekuler dan disimpulkan bahwa sekuen dalam penelitian ini merupakan spesies S. guttatus dengan panjang 710 bp dan tingkat kemiripan dengan kisaran 98.78% - 99.79% dengan spesies S. guttatus yang ada pada GenBank NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik sekuen dari pasar Beringin Tarakan dan dengan data sekuen lain yang dikumpulkan dari GenBank NCBI jarak genetik terdekat 0,000 adalah dari perairan Vietnam, Filipina, Canada, Malaysia dan perairan India. Rekonstruksi filogenetik membentuk 2 clade. Clade 1 adalah spesies dari S. guttatus (in-group) dan clade 2 adalah spesies dari S. javus (out-group).
