Abstrak
Ikan pari sungai merupakan salah satu jenis ikan pari yang bisa hidup di perairan tawar, payau dan laut yang termasuk ke dalam famili Dasyatidae. Di Indonesia ada empat spesies ikan pari sungai yang dilindungi penuh oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan karena mengalami penurunan populasi (IUCN 2021) yaitu Urogymnus polylepis, Fluvitrygon oxyrhynchus, Fluvitrygon signifier dan Urolophus kaianus. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi spesies ikan pari secara akurat dalam upaya membantu konservasi ikan pari dari Sungai Sesayap. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kepastian nama spesies ikan pari yang ada di Sungai Sesayap, Kabupaten Tana Tidung, Kalimantan Utara, berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya (validasi spesies, jarak genetik, hubungan kekerabatan). Morfologi diamati dengan membedakan bentuk tubuh, bentuk ekor, corak tubuh dan bentuk mata, selanjutnya diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, uji konsentrasi dan kemurnian, amplifikasi dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil identifikasi spesies berdasarkan karakter morfologi dan molekuler pada penelitian ini ditemukan semua spesies ikan pari dari Sungai Sesayap yaitu Urogymnus polylepis dengan tingkat kemiripan 100% identik data yang tersimpan di GenBank NCBI dan Bold System yang statusnya sudah masuk dalam daftar merah yaitu terancam bahaya (IUCN 2021). Dari hasil analisis jarak genetik sekuen pari dari Sungai Sesayap dengan sekuen dari perairan lainnya yang dikumpulkan dari GenBank NCBI nilai jarak genetik terdekat yaitu 0,000 dari perairan Thailand. Rekonstruksi filogenetik membentuk 3 clade yaitu clade 1 terdiri dari spesies Urogymnus polylepis, clade 2 terdiri dari spesies Urogymnus asperrimus dan Himantura granulata sedangkan clade 3 terdiri dari spesies yaitu Brevitrygon imbricata (out group).