ThesisOpen AccessMetadata saja
2026•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis hiu tikar yang tertangkap sebagai hasil tangkapan buangan dari Perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. Hiu tikar sering tertangkap bersama hasil tangkapan utama menggunakan alat tangkap pukat hela (trawl), namun informasi ilmiah mengenai karakteristik morfologi dan molekulernya di wilayah ini belum tersedia. Penelitian menggunakan lima ekor sampel hiu tikar yang dianalisis berdasarkan karakter morfologi (bentuk tubuh, kepala, sirip, dan pola warna) serta karakter molekuler melalui ekstraksi DNA, amplifikasi gen Cytochrome c Oxidase I (COI) menggunakan PCR, elektroforesis, dan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis menggunakan BLAST pada database NCBI, dilanjutkan dengan analisis jarak genetik dan filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining. Hasil identifikasi morfologi menunjukkan bahwa sampel memiliki tubuh memanjang, kepala lebar dan membulat, terdapat barbel di sekitar mulut, dua sirip dorsal yang terletak di bagian posterior tubuh, serta pola bercak khas pada permukaan tubuh, sesuai dengan ciri spesies Chiloscyllium plagiosum. Hasil analisis molekuler menunjukkan tingkat kemiripan sekuens sebesar 99,08-99,85% dengan data Chiloscyllium plagiosum pada GenBank, dengan nilai jarak genetik yang rendah (0,000-0,012), menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Berdasarkan hasil penelitian, kombinasi identifikasi morfologi dan molekuler berhasil mengonfirmasi keberadaan Chiloscyllium plagiosum di perairan Muara Bulungan, Kalimantan Utara, sekaligus memberikan data ilmiah awal sebagai dasar upaya pengelolaan dan konservasi spesies ini.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2024•
Ikan patin merupakan salah satu ikan air tawar anggota famili Pangasiade. Saat ini penelitian mengenai ikan patin di Indonesia masih minim dilakukan dan untuk di Kalimantan Utara belum pernah dilakukan khususnya dari DNA barcoding. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian terkait DNA barcoding khususnya pada ikan patin di sekitar Kelurahan Tanjung Palas Privinsi Kalimantan Utara diharapkan dapat menjadi sumber informasi dan acuan mengenai jenis pada ikan patin. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi spesies ikan patin secara akurat dalam upaya membantu konservasi ikan patin dari Sungai Kayan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kepastian nama spesies ikan patin yang ada di Sungai Kayan, Kelurahan Tanjung Palas, Provinsi Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya. Morfologi diamati dengan membedakan bentuk tubuh, bentuk ekor, warna tubuh dan bentuk mata, selanjutnya diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, uji konsentrasi dan kemurnian, amplifikasi dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Berdasarkan dari hasil penelitian yang telah dilakukan ditemukan genus Pangasius dengan karakter morfologi bentuk tubuh yang memanjang berwarna putih perak dengan punggung berwarna kebiruan. Ikan ini juga tidak memiliki sisik dan memiliki kepala berukuran relatif kecil dibandingkan dengan badannya. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa ikan patin yang diidentifikasi secara molekuler merupakan ikan patin dari genus Pangasius dengan hasil persentase kemiripan pada Pangasius nasutus 94,75%, Pangasius hypophthaimus 90,80%, dan Pangasius micrinemus 92,86%.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Kima merupakan bivalvia laut yang berperan penting sebagai biofilter alami dan saat ini banyak diambil kemudian diperdagangkan sebagai hewan akuarium, makanan lauk (seafood), dan sovenir. Informasi biologi dan molekuler merupakan salah satu tahapan dasar dalam upaya konservasi kima. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies dan karakter molekuler kima kering yang diperdagangkan di Pasar Beringin Kota Tarakan. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler kima kering. Pada tahapan prosedur molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil sekuensing yang dicocokkan dengan data NCBI, menunjukkan bahwa kima kering dari Pasar Beringin Kota Tarakan merupakan spesies kima sisik (Tridacna squamosa) dengan tingkat kemiripan antara 98,85-100% dan masih satu clade dengan T. squamosa dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari 3%.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2022•
Ikan layang merupakan komoditas perikanan dan termasuk ikan pelagis yang hidup secara bergerombolan diperairan. Salah satu dasar pengelolaan sumberdaya ikan layang adalah melalui informasi dasar mengenai jenis ikan yang akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan layang yang diperdagangkan di Pasar Beringin kota Tarakan secara morfologi dan molekuler serta mengetahui karakteristik molekuler lainnya. Tahapan penelitian dilakukan dengan menganalisis karakter molekuler dan morfometrik ikan layang. Pada tahapan molekuler dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA hasil PCR dan sekuensing DNA. Sekuen dicocokkan dengan data pada NCBI untuk mengetahui spesies ikan layang. Berdasarkan hasil analisis morfologi dan molekuler pada sampel ikan layang diketahui bahwa sampel tersebut merupakan spesies Decapterus macrosoma dan masih dalam satu clade dengan Decapterus macrosoma dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari dari 3%.
ThesisOpen AccessMetadata saja
2022•
Kepiting merupakan salah satu komoditi hasil perikanan yang ditemukan hampir diseluruh perairan laut indonesia. Salah satu cara untuk mempertahankan populasi kepiting dengan pengidentifikasian yang akurat terhadap spesies yang hendak dikelola. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis kepiting yang ditemukan di Perairan Tanjung Pasir Kota Tarakan, untuk mengetahui karakter morfologis dan mengetahui jarak genetik kepiting berdasarkan penanda molekuler gen COI (Cytohcrome Oxidase Subunit I). Identifikasi dimulai dengan melakukan pengukuran karakteristik morfologi, morfometrik, meristik (Morfologis) kemudian dilanjutkan proses isolasi DNA menggunakan kit ekstraksi DNA wizard Genomic DNA Purification, Promega dan kemudian dilanjutkan dengan amplikasi DNA dengan PCR. Hasil dari dendogram similaritas morfologis kepiting terjadinya 3 klaster, klaster 1 dan 2 beranggotakan kepiting bakau dan rajungan, sedangkan klaster 3 beranggotakan kepiting batu. Untuk hasil identifikasi molekuler menunjukkan teridentifikasi contoh sampel A1 dengan GenBank NCBI adalah kepiting jenis Myomenippe fornasinii dan contoh sampel A2 adalah Myomenippe hardwickii dan A3 adalah Syclla tranquebarica dan sampel A4 tidak ditemukan kecocokan sekuens dengan data pada NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik ditemukan sampel A1 dan A2 merupakan contoh sampel terdekat dengan nilai 0,019.
