Abstrak
Kepiting merupakan salah satu komoditi hasil perikanan yang ditemukan hampir diseluruh perairan laut indonesia. Salah satu cara untuk mempertahankan populasi kepiting dengan pengidentifikasian yang akurat terhadap spesies yang hendak dikelola. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis kepiting yang ditemukan di Perairan Tanjung Pasir Kota Tarakan, untuk mengetahui karakter morfologis dan mengetahui jarak genetik kepiting berdasarkan penanda molekuler gen COI (Cytohcrome Oxidase Subunit I). Identifikasi dimulai dengan melakukan pengukuran karakteristik morfologi, morfometrik, meristik (Morfologis) kemudian dilanjutkan proses isolasi DNA menggunakan kit ekstraksi DNA wizard Genomic DNA Purification, Promega dan kemudian dilanjutkan dengan amplikasi DNA dengan PCR. Hasil dari dendogram similaritas morfologis kepiting terjadinya 3 klaster, klaster 1 dan 2 beranggotakan kepiting bakau dan rajungan, sedangkan klaster 3 beranggotakan kepiting batu. Untuk hasil identifikasi molekuler menunjukkan teridentifikasi contoh sampel A1 dengan GenBank NCBI adalah kepiting jenis Myomenippe fornasinii dan contoh sampel A2 adalah Myomenippe hardwickii dan A3 adalah Syclla tranquebarica dan sampel A4 tidak ditemukan kecocokan sekuens dengan data pada NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik ditemukan sampel A1 dan A2 merupakan contoh sampel terdekat dengan nilai 0,019.